Le génome du calmar vampire (Vampyroteuthis sp. ) a été entièrement séquencé, révélant qu’il s’agit de l’un des plus grands génomes animaux jamais analysés, dépassant les 11 milliards de paires de bases. Cette découverte constitue un chaînon manquant essentiel dans la compréhension de l’évolution des céphalopodes, un groupe comprenant les calmars, les poulpes et les seiches. La recherche, publiée dans iScience le 21 novembre 2025, confirme que le calmar vampire occupe une position « intermédiaire » unique entre les lignées modernes de poulpe et de calmar.
Les secrets génomiques d’un fossile vivant
Le calmar vampire est une créature des grands fonds habitant les océans du monde entier à des profondeurs de 500 à 3 000 mètres. Contrairement aux calmars et aux poulpes typiques, il se reproduit plusieurs fois au cours de sa vie, un trait suggérant une stratégie de reproduction plus primitive. Malgré son nom, le calmar a huit bras comme une pieuvre mais partage génétiquement plus de traits avec les calmars et les seiches. Cela en fait un précieux « fossile génomique vivant », préservant les caractéristiques clés de l’évolution des céphalopodes.
L’équipe de recherche, dirigée par Masa-aki Yoshida de l’Université de Shimane, a séquencé le génome d’un spécimen collecté dans l’océan Pacifique occidental. La taille du génome est environ quatre fois plus grande que celle du génome humain, mais présente une structure chromosomique étonnamment bien préservée. Cette préservation est importante car les poulpes modernes ont subi d’importants réarrangements chromosomiques au cours de l’évolution, alors que le calmar vampire a conservé une organisation plus ancestrale.
Pourquoi c’est important : réécrire l’histoire des céphalopodes
Depuis plus de 300 millions d’années, les céphalopodes se divisent en deux grands groupes : les calamars et seiches à dix bras (Décapodiformes) et les poulpes à huit bras (Octopodiformes). Le génome du calmar vampire fournit la première preuve claire de cette divergence au niveau chromosomique.
Les premiers céphalopodes ressemblaient probablement plus à des calmars qu’on ne le pensait auparavant. Le génome du calmar vampire suggère que l’ancêtre commun des poulpes et des calmars avait une structure chromosomique semblable à celle d’un calmar qui a ensuite fusionné et compacté dans le génome moderne du poulpe, un processus connu sous le nom de « fusion avec mélange ». Cette réorganisation chromosomique à grande échelle, plutôt que de nouveaux gènes, semble être le principal moteur de la diversité des céphalopodes.
Principales conclusions et implications futures
Les chercheurs ont également séquencé le génome de la pieuvre pélagique Argonauta hians (nautile à papier) à des fins de comparaison. L’analyse montre que le calmar vampire préserve le patrimoine génétique antérieur aux deux lignées. Les résultats remettent en question les hypothèses de longue date sur l’évolution des céphalopodes, suggérant que la divergence entre les poulpes et les calmars était due à des changements chromosomiques majeurs plutôt qu’à une innovation génétique.
“Notre étude fournit la preuve génétique la plus claire à ce jour que l’ancêtre commun des poulpes et des calmars ressemblait davantage à des calmars qu’on ne le pensait auparavant”, a déclaré le Dr Emese Tóth de l’Université de Vienne.
Le séquençage de ces génomes devrait révolutionner la compréhension de l’évolution des céphalopodes, fournissant ainsi une base pour des recherches plus approfondies sur les mécanismes génétiques à l’origine de leurs remarquables adaptations. Cette découverte souligne l’importance de préserver les « fossiles vivants » comme le calmar vampire, qui détiennent des indices sur la profonde histoire évolutive de la vie sur Terre.
